2月17日の日本バイオデータさんによるツイッターへの投稿より
・日本バイオデータ
その新型コロナウイルス解析論文表紙
・med-mec.com
12月以降に「妙に長い軽い風邪」を引いた日本人はすでに抗体を持っている可能性も
大変衝撃的であると共に、日本人の方々にとっては非常に重要な解析が日本で進められていたことを私は今日知りました。
生物の遺伝子解析の専門企業である「日本バイオデータ」が 2月17日午後に、中国武漢と、日本、台湾、そしてアメリカのそれぞれの各都市で検出された新型コロナウイルス COVID-19 のゲノム解析を完了したことを告知されていました。
そして、その結果は、冒頭に貼りましたツイッターへの投稿の通り「新型コロナウイルスは日本にすでに何度も来ていた」可能性が高いことがわかったのです。そして「日本各地の新型コロナウイルスに、それぞれ違う系統がある」こともわかったのです。どうやら、いろいろな新型コロナが混在している。
さらに、日本と台湾とアメリカの新型コロナウイルスは「すべて異なる遺伝子」だとわかったのです。というか「共通の祖先体系が見られない」ようなのです。
冒頭のツイッターへの投稿には、以下のように書かれてあります。
新型コロナウイルスの系統解析
2020.02.17 @info_nbd 株式会社日本バイオデータ
日本各地で確認された新型コロナウイルスの塩基配列は、他の国内で発見されたウイルスよりも海外で発見されたウイルスに似ていた。これは、日本各地で確認されたウイルスがそれぞれ独立に侵入したことを示唆する。図中数値は、その分岐のブーストラップ値であり、この値が１に近いほど分岐の信頼性が高い。
ウイルス配列の入手方法
2019 Novel Coronavirus Resource よりウイルス塩基配列をダウンロードした。※ 弊社では新型コロナウイルスそのもの、新型コロナウイルス由来DNAを扱っていない。ウイルス配列の選別
ダウンロード可能であった新型コロナウイルス配列は82本。数百塩基程度の短い配列を取り除くと、26,973ntから29,903の塩基配列が49本残った。ウイルス配列の解析方法
PARSNPを使用して系統樹を作成した。登録塩基配列が増えたら更新の予定。
ここまでです。
日本バイオデータさんは、この解析に関しての論文も発表されていまして、その概要も簡単にご紹介したいと思いますが、遺伝子関係の英語論文は私には大変難解でして、多分いろいろと間違うと思いますので、要点を書いておきますと、以下のような感じです。
日本のCOVID-19の塩基解析から判明したこと
台湾、アメリカ、そして日本に侵入した新型コロナウイルスは、それぞれの国のウイルスが単系統のクレード（共通の祖先からの単一の起源をもつとされる因子）を持っていないことがわかり、そのため、「 3か国でそれぞれ独立して発生した」と考えられる。また、日本の各都市でも、異なる系統のゲノムとなっているため、日本の都市にも別々のルートで異なる新型ウイルスが入ってきたと考えられる。
ウイルスが単系統のクレードを持たない理由が、変異によるものか、発生場所が複数あるのためかはわからない。
これは、視覚的に見てみますと、以下のようになります。
図の全体を載せると文字が小さくなりすぎますので、図の一部ですが、以下のような解析図でも、中国武漢の新型コロナウイルスと、アメリカのカリフォルニア州、台湾の台北、そして日本・東京の新型コロナウイルスは「異なる遺伝子を持っている」ことがわかると思います。あるいは、それぞれの国の中でも都市により異なる。
新型コロナウイルスの解析論文より
・med-mec.com
この解釈からは、中国の武漢で最初にコロナウイルスが発生して以来（最初に感染者が確認されたのは昨年 12月の初めです）、
「昨年以来、何度も新型ウイルスは日本に入っていた」
と思われ、そして、日本のいろいろな都市に、さまざまに「異なる新型コロナウイルス」が流入していて、そして、さらには、「おそらく多くの日本人がすでに感染し、風邪かインフルエンザだと思いながら、あるいはすでに自然に治っている」というようなことになるかと。
考えてみれば、春節の頃からいろいろと騒がれていましたけれど、春節以前にも、たとえば、クリスマスとかには多くの中国人の人たちが来ていたのです。春節以前に来ていた中国人観光客の数たるや、100万人とも言われています。たとえば、この日本バイオの投稿に対しての以下のような返信でもわかります。
日本バイオさんの投稿に対しての返信より
感染確認が2019年12/9。12月から1月初旬までの中国人観光客は約100万人。浅草にいるからわかるけど、誰もマスクなどしていなかった。すべての人が武漢からではないが、1000人くらいの「感染者」は来ていたと思う。1月の肺炎患者を調べると感染者は増えると思う。日本だけでなく米国も含めて。
あるいは、以下のようなさまざまな返信も。
アメリカでもそうですが、日本でもこれまでインフルエンザだと思っていたものは、実はコロナウイルスだったのでしょう。確か10年ほど前までは、治りにくい風邪はコロナウイルス。との報道があったような気がします。しかし中国への忖度からか、いつの間にか報道されなくなった。
昨日の以下の記事に書きました「アメリカで CDC が検査の方向を変えた」のも、このことと関係していそうです。
大規模な飢餓の発生を懸念する武漢の人たち。しかし、新型コロナや過去最悪のイナゴ被害、中国での鶏の大虐殺などは、世界すべてに「想像できないような飢餓の時が迫っている」ことを示す
つまり、CDC も新型コロナの解析を進めるうちに、「すでに大流行している」ことに気づいたということかもしれません。インフルエンザの大流行だと思っていたものが、実は「新型コロナウイルスの大流行だった」と。
しかし、この解析が正しければ、日本に関しては、という意味ですが、これまでのようには新型コロナウイルスを恐れる必要はないのかもしれないですね。というのも、この冬のシーズンの日本での風邪やインフルエンザの重症率から考えると、仮にそれらの中に新型コロナウイルスの感染が多く含まれていたとすれば、「重症化率は低い」からです。
くどいようですが、これは「日本の場合」の話であり、日本の新型コロナウイルスは、極端にいえば、他の国で流行しているものとは「違う」といってもいいようなもののようですので、現状の日本では、高齢者などを別にすれば、重症化率は低いように思います。
まあ……それでですね。
これは私個人の考え方であって、日本バイオさんの解析とは関係ないのですが、昨年以来、日本でこの新型コロナウイルスの感染が日本人に拡大している中で、
「日本においてはこのウイルスはすでに弱毒化したのではないか」
と解析を見て、ふと思ったのです。
科学素人の私が言っても意味があることではないですが、日本のが一番弱い気がしたのです。
そもそも、ウイルスの変異は、多くの場合、「弱毒化」に向かいます。
たとえば、SARS が自然に消えていったことや、1918年のスペインかぜにしても、やはり自然に消えているわけですが、ウイルスはどちらかというと、どのくらいの時間がかかるかはともかく、弱毒化に向かうのが普通だと思われます。（だから人類はウイルスではなかなか滅亡しない）
こんなに早く弱毒化するかどうかはわからないですが、日本の新型コロナウイルスについては、弱毒化を果たした可能性はあるのではないかと思います。
そして、これもあくまで個人的な考えなのですが、昨年 12月頃から、今年 2月くらいまでにかけて、
「１ヵ月とかの長い期間、なかなか治らない軽い風邪のような症状」
を経験していた方の場合、それはすでに感染して、そして自然に治っていたのかもしません。というのも、普通のかぜもインフルエンザも、そんなに長く続かないのですが、現状で、新型コロナウイルスの患者さんの経過を見ていますと、症状が出てから治るにしても重篤化するにしても 3週間から 1ヵ月くらいかかっています。仮に弱毒化しているのなら、「症状が軽い状態で長く続く」可能性もあると思います。喉が少し痛いとか、なんか吐き気がするとか。
もともともいわゆる「普通の風邪」の 10%からシーズンによっては 30%くらいはコロナウイルスによるものですが、コロナウイルスの風邪は長引くとも言われています。これは、私は以前経験したことがありまして、「風邪かどうかもわからないような軽い症状だけど、おそらく風邪なのだろうというような状態が 1ヵ月くらい続く」のです。
そして、今シーズンにそういう状態を経験した人たちは、断定できるものではないですが、もしかすると、「すでに抗体を持っている」ということにもなり得るわけで、基本的にもう恐れることはないような気がします。
もちろん、基礎疾患のある場合や高齢者の方などのリスクが高いのは同じだと思われますけれど。
ただ・・・。
台湾の新型コロナウイルスと、アメリカの新型コロナウイルスと、日本の新型コロナウイルスが、
「その系統がすべて違う」
ということが「示す意味」はよくわからないです。
以下の放射線治療医の方の投稿が正しければ、変異して系統が次々と分岐していった結果ということなのかもしれませんが。
@fukanjuさんの2月17日の投稿より
こちらの新型コロナウイルスの分子系統樹からは、中国国内で変異して系統分岐した後の子孫株が複数系統日本国内で観察されているということがわかります。つまり、1回抜けられただけじゃなくて、この数ヶ月で複数回を検疫を抜けられたことが結果からわかるということです。
いずれにしましても、どうやら、この新型コロナウイルスには、
「比較的、強毒性のもの」
と
「比較的、弱毒性のもの」
が各国あるいは各地域で入り交じっているという観測もできそうです。
ただ、「クルーズ船内で流行しているのがどのタイプなのか」は調べないとわからないでしょうけれど。弱毒性のものならいいのですけれどね。
いずれにしても、この解析は驚くと共に、ほんの少しは安心材料ではあるのではないでしょうか。
実際、現時点での新型ウイルスの流行についての最も大きな問題は、「このままでは社会と経済が崩壊してしまう」という点であるわけで、それがある程度の先の目処がつくようなことになってくれるなら、パーフェクトストームのような完全崩壊は避けられるように思います。
そんなわけで、日本バイオさんの解析データの概要をご紹介します。先ほども書きましたが、私自身の科学用語知識では、間違いも多々あると思いますので、お詳しい方は、論文をリンクから直接お読みになっていだければ幸いです。
ゲノム系統樹分析により、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2は、台湾、米国、および日本に複数回導入されたという証拠が明らかとなった
［要旨］
世界的な重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-Cov-2）感染が、経済と人々の不安を混乱させている。
国民たちの不安が政府と医療従事者の心理的負担を増大させ、懸念を持つ人々は、政府に国境措置を求めている。しかし、このウイルスの国境対策は可能だろうか？
今回、48のほぼ完全なウイルスゲノム配列を分析することにより、台湾、米国、および日本に侵入したウイルスが独立して導入されたことがわかった。 13個の節約情報サイトと 3つのグループ（CTC、TCC、およびTCT）を特定した。
その結果、台湾、米国、および日本の都市で見つかったウイルスは、同じ国の他の都市で見つかったウイルスと単系統のクレード（共通の祖先からの単一の起源をもつとされる因子）を形成しなかった。これらの結果は、このウイルスに対する効果的な国境対策の実施の難しさを示唆している。
［結果と考察］
まず、SARS-Cov-2（新型コロナウイルスのこと）のゲノム系統樹を取得した。
それが示すところは、台湾、米国、および日本の都市で見つかったウイルスは、同じ国の他の都市で見つかったウイルスと単系統のクレードを形成しなかった。この結果は、ウイルス侵入がこれら 3か国で独立して発生したことを示唆している。
この研究では、69のバリアントサイト（変異した箇所）が見つかった。 13の節約情報サイトが見つかり、そのうちの 3つが重要だった（下の図）。
13個の節約情報サイトは、614、2662、5084、8782、18060、24034、24325、26144、26729、28077、28144、28854、およびSARS-Cov-2 ゲノム（MN908947）の 29095番目のヌクレオチドにあった。
（この後も詳しい解説数値が続きますが、略します）
将来世界のさまざまな部分で分離されたウイルス配列が局所的に獲得された突然変異であるか、または起源の場所の多様性を反映しているかどうかを判断するには、さまざまな SARS-Cov-2 ゲノム配列を起源の場所で収集する必要がある。
ここまでです。
先ほども少し書きましたけれど、最後の以下の記述はいろいろと考えさせられます。
「ウイルス配列が局所的に獲得された突然変異であるか、または起源の場所の多様性を反映しているかどうか」
つまり、後者の記述が意味するところは、場合によっては、
「新型コロナウイルスの発生源がひとつではなく、複数存在する可能性」
があるということになるという解釈になるのですかね。
いずれにしましても、新型コロナウイルスは、遅くても昨年の 12月くらいからは日本に入り続けていて、すでにかなりの数の人たちが感染し、あるいはすでに治っている可能性が高いと思われます。
この冬に、「 1ヵ月近く続く軽い風邪みたいなもの」を経験した方は、すでに抗体を持っているかもしれません。
ただ、未確認情報とはいえ、武漢においては、以下の記事でご紹介しましたように、「２度目の感染がある」ということを医師が言っていると台湾ニュースは報じていました。
コロナウイルス最新情報 2020-02-16 武漢の医師が「２度目の感染が多発」しており、２度目の感染時に突然死することが多いと報告
そのあたりを含めて、まだ不安点もあり、わからないことも多いですが、現時点としては、他の国はともかく、日本においての新型コロナウイルスは過度に心配しなくてもいい可能性が少し出てきました。
